新建市(縣)級自然保護區。規劃新建的市(縣)級自然保護區有儀征捺山火山口自然保護區和丹徒蓮花洞自然保護區。儀征捺山火山口自然保護區為地質遺跡類型自然保護區，主要保護對象是地質景觀及化石。捺山位于儀征市謝集鄉境內，是 500多萬年前新生代火山噴發形成的火山口，附近不僅有壯觀的石柱林，還有完整的火山地質結構，以及國內外罕見的木、骨化石群，是華東地區科學價值較高、景色壯觀的地質遺跡。丹徒蓮花洞自然保護區屬地質遺跡類自然保護區，主要保護對象為蓮花洞及古生物化石。丹徒蓮花洞位于鎮江回龍山中，是鎮江南山風景區中一處景點，為石灰巖溶洞，洞口高大，深不可測，洞內曲折迂回、鐘乳嵯蚜。明代曾出土過“龍骨”(動物化石)，1981年出土過一些全新世的動物化石，還有一枚人齒化石，距今約萬余年。

新建重要生態功能保護區。主要有長江干流集中式飲用水源地一、二級保護區;南京牛首山—祖堂山風景名勝區，面積約7 平方公里，以珍稀動物(中華虎鳳蝶)、自然景觀、植被為保護對象;南京老山國家森林公園，面積約78.87平方公里;南京棲霞山風景名勝區以自然生態景觀、人文歷史遺跡、鳥類為保護對象，面積8.6平方公里;南京鐘山—玄武湖風景名勝區，包括鐘山風景區以及玄武湖風景區內的各公園，總面積為35 平方公里，以自然生態景觀、人文歷史遺跡、鳥類、湖泊為保護對象;句容寶華山北亞熱帶珍稀樹種保護區，面積為139公頃，以野生動植物為主要保護對象;江陰要塞森林公園，面積2.2平方公里，江陰定山風景名勝區面積13.2平方公里，均以森林生態系統為保護對象;常熟虞山森林公園，面積約為15 平方公里;長江靖江、常熟段珍稀魚類洄游通道重要生態功能保護區，位于靖江和常熟之間的主泓江段，江面寬約2公里，面積約100 平方公里，是以中華鱘等珍稀魚類洄游通道為保護對象的水源地生態功能保護區;江都南水北調東線水源地生態功能保護區，核心區北起廖家溝、芒稻河和新通揚運河，南至長江，東到揚泰交界，西接京杭運河，面積340 平方公里，規劃設立國家級重要生態功能保護區。遠期將長江大堤外洲灘濕地作為重要生態功能區加以保護，包括南京北岸新濟洲對面沿江的洲灘(七里河—城南河)、八卦洲下游洲灘(滁河河口)、南京南岸下游沿江地帶洲灘、揚州沿江鎮江世業洲對岸洲灘、泰興天星洲對面沿江洲灘、海門江堤達標紀念碑與海門港閘之間、常熟與張家港市界處一直延續到滸浦塘洲灘，總面積約為71平方公里，以洲灘濕地生態系統為保護對象。

生態防護隔離帶設置。為防止產業集聚產生的環境負面效應對鄰近城鎮的人居環境質量和鄰近自然保護區野生動植物生長環境的影響，阻止城鎮用地空間的連綿生長和城市與城市之間的融合生長，規劃在開發區與城鎮間、工業及城鎮建設區與生態敏感區間設立生態防護隔離帶。

——大型化工園區與人口集中居住區之間的綠色隔離帶。包括南京化工園綠色隔離帶，規劃在長江大堤以內1-2公里區域建設;儀征化纖與儀征市區間綠色隔離帶，規劃在揚子公園附近以河流為依托劃定寬度不小于0.5公里的工業區與城市的綠色隔離帶;在鎮江主城與東部諫壁化工園、西部高資工業園之間，分別設置以農田、林地、風景區、大橋防護帶以及沿路防護帶為基礎的生態隔離帶，隔離帶的寬度原則上不小于200米;在泰興經濟開發區周圍及各企業廠區周邊建設生態防護帶，在泰興經濟開發區與城區之間的沿江高等級公路兩側建設適當寬度的綠化帶;南通港閘精細化工園與南通城間綠色隔離帶，規劃以通呂運河為依托，在河兩側建設100～300米工業區與城市的綠色隔離帶。

——工業及城鎮建設區與生態敏感區間的緩沖隔離帶。飲用水源保護區在取水口上下游3公里范圍內與城鎮、工業區之間設立緩沖隔離帶，重點為位于鎮江大港國際化工園附近的黃崗取水口、泰州經濟技術開發區濱江工業園下游的泰州三水廠取水口、江陰經濟技術開發區內的江陰小灣取水口、位于南通經濟技術開發區內的洪港取水口等。自然保護區與城鎮、工業區之間設立緩沖隔離帶，主要在鎮江長江豚類自然保護區與城市之間以江心洲為依托設立隔離帶，寬度在50～100米之間。森林與城鎮之間設立緩沖隔離帶，主要規劃為伸入南京、鎮江及江陰城市內部及城市周圍的森林劃定寬度不小于50米的緩沖保護區，限制一般的城市開發活動，規劃建設公共綠地、都市農場、高爾夫球場等。以林地和農田為主，建設沿江南北兩岸的長江濕地緩沖隔離帶，保護帶的寬度依據沿江土地開發類型相應變化：生活岸線地區，建設風景林帶，寬度10-50米;工業岸線地區，建設景觀防護林帶，寬度50-100米;農田及農村居民點地區，以農田、牧場或景觀防護林帶的形式建設緩沖帶，總寬度不小于100米。

生態廊道設置。在生態敏感度高的地區建設主生態廊道，連通自然保護區，保護和重建野生生物棲息場所和遷徙途徑。

——長江干流水體及洲灘濕地廊道。由于干流沿線是開發活動與自然保護區都很集中的地區，開發與保育的碰撞最直接，生態脆弱，設立干流主廊道的目的在于加強環境管理，規避生態風險，保護自然景觀。

——寧鎮丘陵森林廊道。寧鎮丘陵地區森林植被是沿江地區寶貴的自然(近自然)景觀，為野生生物提供相對穩定的棲息環境，并且已建立多處自然保護區。結合生態農業發展，建立南京西郊老山森林廊道、南京南郊森林廊道、南京東南郊連通句容茅山的森林廊道、南京東郊沿寧鎮公路及滬寧鐵路連通鎮江的森林廊道、句容茅山—寶華山森林廊道、鎮江東南郊森林廊道。

——江都長江—廖家溝—邵伯湖清水廊道。結合南水北調東線水源保護工程，在輸水沿線建設濕地景觀生態廊道，包括水域、邊灘、洲灘、堤岸防護林，廖家溝沿線寬度控制在0.5~1.0公里，邵伯湖以湖面和堤岸為控制范圍。

——虞澄多功能景觀廊道。通過擬建的沿江高速虞澄段的林帶連接江陰沿江森林、常熟周邊森林濕地及長江常熟段淺灘濕地，實現自然保育、景觀建設和生態分隔(氟化學工業園)等多項功能。