如靖界—長青沙北汊口上游1公里。岸線長4.0公里，一級岸線。可用作工業岸線，服務如皋港經濟開發區。開發過程中要密切關注河勢變化。

長青沙北汊口上游1公里—九圩港。岸線長19.7公里。其中長青沙北汊上游1公里至小李港，岸線長度11.7公里，三級岸線，以生態保護為主，包括如海區域供水長青沙水源地。小李港至九圩港，岸線長度8公里，三級岸線，在不影響天生港航道的前提下，可作為港口工業岸線。結合橫港沙整治開發，橫港沙外側10公里岸線為一級岸線，橫港沙外側岸線作為港口工業岸線，內側仍有淤積現象，暫不宜開發。

九圩港—蘆涇港。岸線長4.2公里，二級岸線。目前為天生港電廠和華能南通電廠占用，今后不宜擴大利用規模。華能三期的煤碼頭及其他新建碼頭可布局在橫港沙外側的深水岸段。

蘆涇港—越江路。岸線長3.7公里，二級岸線。目前布局建材堆場、商貿中轉碼頭及一些小造船廠、漁輪廠等。該岸段需配合城市空間調整，進一步優化布局。鑒于現狀和接近中遠的區位，可對現有船舶企業進行調整、優化和轉型，開辟船舶配套工業園。

越江路—通呂運河口。岸線長0.9公里，保留通沙汽渡約200米岸線，預留通呂運河水源保護區，其余岸線為港口公用岸線。嚴格控制污染企業，逐步關閉本岸段的化工小企業。

通呂運河口—任港河口。岸線長0.5公里，一級岸線。現為海事執法基地及通州港務公司貨運碼頭等占用。本段位于通呂運河水源保護區內，且臨近老城區，具有城市親水空間的生態價值，宜搬遷貨運碼頭，將該岸段逐步調整為生活旅游岸線。

任港河口—中遠船務上界。岸線長0.9公里，一級岸線。其上游依次分布船舶服務公司、糧油進出口接運公司等。宜保留糧油進出口接運公司，搬遷南通港口集團公司港作船基地，騰出岸線近期仍作散雜貨碼頭用，遠期可考慮轉為生活岸線。

中遠船務上界—姚港。岸線長3.1公里，一級岸線，已分布有中遠船務、中遠川崎、華能電廠煤碼頭、華強集團、姚港油庫等，位于老城區，功能混亂，對城市功能和居住空間的影響較大。為此建議近期保留中遠船塢、中遠川崎等，調整中遠以下岸線，重點發展船舶修造業。將華強碼頭、姚港油庫遷至江海港區或富民港區。配合華能三期，將華能煤碼頭搬遷至橫港沙外側，以隧道或棧橋跨越天生港水道直接輸煤至電廠，從而降低煤炭轉駁的成本。

姚港—龍爪巖上游1公里。岸線長3.6公里，一級岸線，現為狼山港區利用。港區后方為崇川開發區以及一些小規模污染企業，缺乏足夠的陸域配套空間。保留狼山公用港區，逐步搬遷區內占用岸線的工業企業。

龍爪巖上游1公里—褲子港。岸線長5.5公里，三級岸線。位于狼山風景區，生態價值高，為南通狼山水廠水源保護區和城市生活旅游岸線。宜將影響水源保護和大江風貌的海關緝私碼頭、水泥廠、磚瓦廠、中遠鋼結構等企業盡快外遷。

褲子港—老洪港風景區上界。岸線長4.8公里，二級岸線。現主要為南通經濟技術開發區占用。新開沙的淤漲使該岸段夾槽逐漸縮窄，影響碼頭利用。新碼頭的建設要密切關注河勢變化，減少企業污染排放。

老洪港風景區上界—老洪港風景區下界。岸線長2公里，三級岸線。作為洪港水廠水源保護與生活旅游岸線嚴加保護。

老洪港風景區下界—東方紅農場涵洞。岸線長7.1公里，二級岸線。現為南通江海油氣品和液體化工倉儲區，下游分布港德油脂等企業。要密切注意河勢變化對現有碼頭和新建碼頭的影響，搬遷一般性加工工業企業，騰出岸線發展石化物流和造紙產業。同時，要保留500米通常汽渡岸線。

東方紅農場涵洞—海門港閘。岸線長21公里，三級岸線。除保留2公里蘇通大橋保護區和500米海太汽渡外，其余岸段結合長江口綜合整治規劃徐六涇節點整治工程建設，通過圍墾新通海沙形成新的深水岸線，蘇通大橋上游2公里岸線布置港口支持系統作業區，下游約11公里岸線布置通海作業區。

海門港閘—入海口。該岸段長83.6公里，地處長江口北支，三級岸線，海門港閘至崇海大橋良策、預留崇海二橋兩側和崇啟通道兩側可作為生活旅游岸線。嚴格保護國家級濕地自然保護區，生態價值較高，保留海門水廠取水口，不宜開發利用。應逐步搬遷或關閉沿岸污染嚴重的化工企業，嚴格保護生態岸段。從三條港到連興港約18公里的岸線，在充分進行長江口整治影響分析的基礎上，適度發展船舶制造等產業。

上述岸線利用規劃，具體實施中應嚴格遵循和服從沿江各城市的總體規劃、《江蘇省地表水(環境)功能區劃》中有關南水北調水源保護區、《太湖流域防洪規劃》中有關通江干河河口擴大和江邊樞紐建設、《江蘇省地表水功能區(環境)規劃》中對飲用水源區保護的規定，確保長江水質安全。