近年來，廣西畜禽漁種業一步步從養殖業中脫穎而出，逐漸發展成為技術含量高、銷售市場廣、產品附加值高的新興產業，不僅支撐著養殖業持續健康發展，自身也極具發展潛力。

“十一五”以來，廣西水產畜禽養殖規模不斷擴大，成為全國養殖大區，畜禽漁良種工程建設同步推進。目前全區持有《種畜禽生產經營許可證》的種畜種禽場發展到260多家。其中，自治區級原種豬場和重點種豬場15家，國家級核心育種場兩家，存欄外來純種母豬兩萬多頭，年提供種豬20萬頭;地方品種種豬場5家，存欄廣西地方品種種豬3000多頭，年提供陸川豬、香豬等廣西地方優良純種種豬3萬多頭;自治區級祖代種雞場和重點種雞場13家，存欄種雞300多萬套，年提供種苗3億多只。全區持有《種苗生產經營許可證》的水產良種場共16家，其中1家水產育種中心、5家國家級羅非魚良種場，10個羅非魚越冬基地，年產羅非魚苗種能力3億尾左右。自治區級龜鱉良種場已有6家，年供種能力33萬只。對蝦良種場有兩家，其中1家為國家級對蝦遺傳育種中心，年產對蝦苗種215億尾。

畜禽漁良種工程的深入實施，不僅改變了廣西優良純種豬從區外引進的狀況，優良種豬、黃羽雞苗還外銷到全國大部分省(市、區)，一些種雞企業還在四川、云南、山西等省建立了種雞場。

廣西在水牛胚胎克隆技術、家禽疫病控制技術和南方牧草品種選育等領域的研究處于全國領先水平。廣西多次成功克隆奶水牛，水牛胚胎移植進入中試生產階段，黃牛胚胎移植、巴馬香豬的克隆技術也取得了成功;奶水牛XY精子分離性別控制技術開始應用于規模化養殖，廣西自主選育的桂牧一號牧草品種在區內外大規模應用于牛、羊、兔等草食動物養殖以及水產養殖中。對蝦的基因組學研究、數量性狀多基因聚合育種、種質保存與信息化、規模化繁育等遺傳育種技術取得較大進展。“十一五”時期，全區水產畜牧獸醫系統獲得國家科技進步二等獎兩項，廣西科技進步獎一、二、三等獎共45項。

全區建立和完善了自治區、地市、縣區到鄉鎮的四級水產畜牧技術推廣體系，建立了國家級種公牛站、13個市級凍精液氮中轉站和2300多個牛人工授精配種點，各縣品種改良站普遍開展了生豬、水牛、黃牛的人工授精。

作為我國羅非魚主產區之一，廣西擁有國家級和省級兩個層次的現代羅非魚產業技術體系研發團隊，擁有國家級羅非魚產業技術體系苗種繁育崗位科學家1名，省級羅非魚產業創新團隊首席專家1名、功能專家兩名。廣西已成為國家羅非魚產業技術研究的科研前沿，加快了羅非魚耐寒、耐鹽、抗病、快長優良新品種的選育，初步建立起羅非魚良種試驗、示范及推廣技術體系。

廣西地方畜禽品種資源豐富，是我國種質資源集中地之一。種豬方面，有全國八大地方品種之一的陸川豬，聞名遐邇的巴馬香豬，以及環江香豬、東山豬、隆林豬、德保豬、桂中花豬等。家禽方面，有廣西三黃雞、霞煙雞、南丹瑤雞、廣西麻雞、廣西烏雞、龍勝鳳雞、峒中矮雞、靈山彩鳳雞、靖西大麻鴨、廣西小麻鴨、融水香鴨、龍勝翠鴨、東蘭鴨、全州文橋鴨、右江鵝、合浦鵝等。草食動物方面，有隆林黃牛、南丹黃牛、潿洲黃牛、富鐘水牛、西林水牛、隆林山羊、都安山羊、德保矮馬等。此外，還有天峨六畫山雞、西林矮腳犬等特種動物。

廣西水域廣闊、水源充足、水質良好，獨特優越的自然環境孕育了三線閉殼龜、廣西擬水龜、鷹嘴龜、山瑞鱉和黃沙鱉等極具地方特色的龜鱉品種，并對其進行了有效的保護及開發。