在產業發展的道路上，醫藥產業已逐漸成為亳州當地經濟發展的支柱產業之一。目前，亳州市的中藥產業已經發展成為包括中藥材種植、中藥加工業、中藥流通、中藥科研和中藥文化傳播等比較完整的產業體系，2011年，規模以上醫藥制造業實現產值102.4億元，同比增長44.3%，中藥產業已經成為亳州市最具潛力的特色產業。

前瞻產業研究院資料顯示，2011年4月，國家中藥現代化科技產業(安徽)基地建設獲國家科技部批復，其中亳州市是整個安徽基地的優勢區域、重中之重;2011年8月亳州“現代中藥產業基地”被國家商務部評為“第一批外貿轉型升級示范基地”，成為安徽省唯一通過商務部評審的基地。

種植面積穩步提升

到2011年底，全市中藥材種植面積104.3萬畝，其中標準化種植基地5.4萬畝，現有中藥材種植專業村800多個，藥業農業產業化龍頭企業41家，其中國家級3家、省級15家。總投資3.5億元的譙城區十八里現代農業綜合示范區建設順利推進。

飲片加工集聚發展

亳州市已經形成全國最大的中藥飲片產業集群，全市現有飲片加工企業58家，飲片年產量30萬噸，占全國的四分之一，涌現出同仁堂、廣印堂、協和成藥業等一批骨干飲片企業。

提取行業初具規模

七里香日化、同輝香料、億源生物等提取企業發展勢頭良好，濟人藥業、沈陽紅藥等中藥提取生產線運營良好，天津興達、運華藥業等一批提取項目正在建設，修正藥業、精華藥業、天江藥業投資的中藥提取項目即將開工。

成藥制造不斷壯大

亳州市現有制藥企業9家，濟人藥業、華佗國藥等制藥企業各具特色，形成了一批具有一定競爭力和市場占有份額的中藥產品，濟人藥業的疏風解毒膠囊、九方制藥的葛酮通絡膠囊、華佗國藥的六味地黃丸和復方丹參片等品種深受市場歡迎。

中藥流通穩步發展

亳州中藥材交易中心2011年成交額超過200億元。總投資15億元的康美(亳州)華佗國際中藥城一期工程預計在今年7月份竣工，建成后將成為集“貿易、會展、旅游、檢驗檢測、信息發布、金融服務、物流配送、辦公和配套商務”于一體的綜合型中藥材集散中心和世界知名中藥城。

對外貿易形勢喜人

隨著亳州市中藥材出口企業隊伍的不斷擴大，中藥對外貿易已成為亳州市外貿發展的主體力量，2011年，全市累計實現中藥材進出口總額9615萬美元，為當地經濟增長做出巨大貢獻。