作者|王聰 來源|生物世界(ID：ibioworld)

新冠病毒Omicron突變株于2021年11月在非洲的博茨瓦納和南非首次被發(fā)現(xiàn)，之后迅速傳播到世界各地，自那時(shí)以來，Omicron很快成為新冠主要流行株并持續(xù)至今。但它的確切起源一直是個(gè)謎，部分原因是Omicron與之前流行的突變株如此不同。

2022年12月1日，Science 期刊發(fā)表了一篇題為：Gradual emergence followed by exponential spread of the SARS-CoV-2 Omicron variant in Africa 的研究論文。該研究稱，在新冠病毒Omicron突變株首次被發(fā)現(xiàn)（2021年11月）之前，它的祖先就已經(jīng)在非洲廣大地區(qū)逐漸出現(xiàn)和進(jìn)化。

然而，2022年12月20日，該論文上線不足一個(gè)月就被撤稿，在撤稿通知中，參與該論文的87位研究人員承認(rèn)，該研究的關(guān)鍵基因組序列被污染，因此導(dǎo)致了錯(cuò)誤結(jié)論。

這篇論文幾乎從發(fā)表的那一刻起就受到了批評，一些研究人員認(rèn)為，如果這項(xiàng)研究先以預(yù)印本形式發(fā)布，讓獨(dú)立科學(xué)家發(fā)表評論，這個(gè)問題本可以避免。牛津大學(xué)進(jìn)化病毒學(xué)家Aris Katzourakis 表示，如果這篇文章在預(yù)印本上線，在幾天內(nèi)就會在Twitter上被“噴死”。

關(guān)于Omicron的起源，科學(xué)家們提出了三種觀點(diǎn)，第一種是病毒在動物宿主上經(jīng)歷了長時(shí)間進(jìn)化，然后“跳躍”到了人類身上；第二種是病毒在患有慢性感染的病人身上經(jīng)歷了長時(shí)間進(jìn)化；第三種是該病毒一直在某個(gè)地區(qū)悄然傳播和進(jìn)化。

這篇Science 論文似乎證實(shí)第三種觀點(diǎn)。研究團(tuán)隊(duì)通過使用Omicron特異性檢測方法篩選來自非洲各地的新冠患者的數(shù)千個(gè)舊樣本，研究人員早在2021年8月和9月就在東非和西非的25個(gè)患者樣本中發(fā)現(xiàn)了Omicron的證據(jù)，幾個(gè)月后這種突變株在南部非洲爆發(fā)。研究人員對來自貝寧的5個(gè)樣本的基因組進(jìn)行了測序，發(fā)現(xiàn)它們具有Delta的一些特征和Omicron的一些特征，說明它們是從Delta向Omicron進(jìn)化的中間階段。

但在這篇Science 論文發(fā)表之前，科學(xué)界已經(jīng)不再認(rèn)可上述第三種觀點(diǎn)，因?yàn)槿绻鸒micron真的是隨著在人群中傳播而逐漸進(jìn)化，那么它們應(yīng)該有更多的同義突變（這種突變的基因序列改變，但不會導(dǎo)致蛋白質(zhì)序列變化）。

斯克里普斯研究所病原體進(jìn)化專家Kristian Andersen 在深入研究這篇論文后發(fā)現(xiàn)，

這篇論文上線后，一些科學(xué)家很快發(fā)現(xiàn)了問題，例如，論文中的Omicron早期祖先的基因組序列竟然有一些后來才出現(xiàn)的Omicron亞型的典型突變，這說明樣本被污染了。

論文作者承認(rèn)了一些樣品存在污染問題，此外，他們從殘留樣本中再次進(jìn)行測序，并沒有能重復(fù)出論文中的結(jié)果。

論文的批評者指出，這些問題本應(yīng)在論文發(fā)表前的同行評議中被發(fā)現(xiàn)。一位匿名科學(xué)家表示，自己被Science 邀請審稿時(shí)指出了這篇論文存在的缺陷。

Science 期刊主編 Holden Thorp 表示，審稿人對這篇論文的發(fā)表給予了足夠多的支持，但他沒有詳細(xì)說明。他還表示，在審稿過程中沒有發(fā)現(xiàn)這些錯(cuò)誤，Science 對此承擔(dān)責(zé)任。

這篇 Science 論文的通訊作者、柏林夏里特醫(yī)學(xué)院的 Jan Felix Drexler 表示，如果當(dāng)初先在預(yù)印本發(fā)布，就可以避免這篇論文的發(fā)表和撤稿。似乎沒有必要急于公布論文中的這些信息，因?yàn)檫@些發(fā)現(xiàn)并沒有回答緊急公共衛(wèi)生問題。現(xiàn)在回想起來，確實(shí)很后悔。

參考鏈接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.add8737

https://www.science.org/content/article/we-made-mistake-omicron-origin-study-retracted-after-widespread-criticism

編者按：本文轉(zhuǎn)載自微信公眾號：生物世界(ID：ibioworld)，作者：王聰