實(shí)際上，科學(xué)研究主要分為基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究和開發(fā)研究，其中，基礎(chǔ)研究是對(duì)新理論、新原理的探討，很難取得短期效果，管理起來最難，但是我國2012年基礎(chǔ)研究經(jīng)費(fèi)僅為498億元，占總體經(jīng)費(fèi)支出的比重不足5%，所以基礎(chǔ)研究經(jīng)費(fèi)并不是我國科研經(jīng)費(fèi)管理的重點(diǎn)，最主要的還是在應(yīng)用研究和開發(fā)研究方面。

而應(yīng)用研究和開發(fā)研究大多應(yīng)用于實(shí)踐，更加強(qiáng)調(diào)技術(shù)成果的轉(zhuǎn)化，短期內(nèi)是可以看到實(shí)際效果的，占總體經(jīng)費(fèi)投入的比重超過了95%，是我國科研經(jīng)費(fèi)管理的主要部分。而科研經(jīng)費(fèi)腐敗大部分都發(fā)生在應(yīng)用研究和開發(fā)研究方面，要從根本上治理科研經(jīng)費(fèi)腐敗問題，也必須從科研的應(yīng)用研究和開發(fā)研究方面著手。

要徹底有效的治理我國科研經(jīng)費(fèi)腐敗的問題，必須轉(zhuǎn)變我國科研經(jīng)費(fèi)支持和考核體系，從政府引導(dǎo)監(jiān)管到市場需求轉(zhuǎn)變，從政府引導(dǎo)創(chuàng)新向市場需求創(chuàng)新轉(zhuǎn)變。防止出現(xiàn)科研活動(dòng)“走過場”的現(xiàn)象，出了基礎(chǔ)性的研究工作，大部分的應(yīng)用研究和開發(fā)研究應(yīng)當(dāng)積極向市場轉(zhuǎn)變，促進(jìn)科研成果考核從“只用來發(fā)論文、評(píng)職稱、申請(qǐng)專利”等形式主義向成果轉(zhuǎn)化、經(jīng)濟(jì)效益等方面轉(zhuǎn)變，推動(dòng)科研活動(dòng)支撐從“政府為主，市場為輔”向“市場為主，政府為輔”轉(zhuǎn)變，大力發(fā)展科技中介服務(wù)機(jī)構(gòu)，加強(qiáng)科研活動(dòng)承接市場需求。最終，科研人員的應(yīng)用和開發(fā)研究活動(dòng)都會(huì)與市場形成良好的互動(dòng)效應(yīng)和反饋調(diào)節(jié)，自然會(huì)形成市場化的約束機(jī)制，確?？蒲匈Y金投入的效率。

目前，我國大部分科研活動(dòng)和市場是脫節(jié)的，一方面是科研活動(dòng)難以反映市場需求，另一方面，科研成果難以轉(zhuǎn)化為市場需求。說到底，我國科研活動(dòng)和市場經(jīng)濟(jì)活動(dòng)缺乏承接過渡，客觀上造成了科研成果難以產(chǎn)業(yè)化、經(jīng)濟(jì)化，并形成惡性循環(huán)，科研成果衡量只能依靠發(fā)論文、評(píng)職稱、申請(qǐng)專利等方式實(shí)現(xiàn)。

所以，總體而言，我國科研經(jīng)費(fèi)腐敗問題已經(jīng)日益影響我國科研創(chuàng)新的發(fā)展，而從源頭上解決我國科研經(jīng)費(fèi)腐敗問題，不能僅僅靠加強(qiáng)管理，更應(yīng)該轉(zhuǎn)變科研體系，從“政府為主，市場為輔”向“市場為主，政府為輔”轉(zhuǎn)變，大力推動(dòng)與科研、技術(shù)開發(fā)和科技成果轉(zhuǎn)化直接相關(guān)的交易、經(jīng)紀(jì)、咨詢、評(píng)估、代理以及科技企業(yè)孵化、創(chuàng)業(yè)服務(wù)等活動(dòng)，支持各種類型的科技中介服務(wù)機(jī)構(gòu)發(fā)展，從而形成科學(xué)研究和經(jīng)濟(jì)發(fā)展的良好互動(dòng)，推動(dòng)我國科研產(chǎn)業(yè)發(fā)展和經(jīng)濟(jì)轉(zhuǎn)型升級(jí)。