然而，雖然具有種種利好因素，但藥企投資醫療機構仍面臨著較大的風險，這些風險概括企業主要包括5個方面：

1、人才風險。目前醫療市場最缺乏的不是資金而是人，尤其是那種既熟悉資本運作又精通醫院管理的人才。

2、政策風險。醫療機構在進行資產重組過程中可能會因與國家有關政策相抵觸而造成損失。由于政策的導向與資產重組內在發展方向不一致而產生反向性政策風險，當醫療機構資產重組運行狀況與國家政策不相容時，就會加大這種風險。各級政府之間出現政策差異也會導致政策風險。

3、決策風險。決策風險主要包括醫療機構自我評估風險和資產評估風險。由于醫療機構在進行資金實力、經營能力、發展狀況和戰略制定等方面的自我評估時，可能因資料限制及評估方法不科學而使結果與實際情況不一致所導致自我評估風險。它所產生的偏差主要體現在醫療機構高估自身資金實力和對所處行業現狀及發展趨勢的認識不充分兩方面。

4、資金風險。醫療機構重組活動時需要支付大量資金，一是重組過程中資金的支出，二是重組完成后的改造和經營資金支出。資產重組中可能出現不能按時支付到期債務風險和陷入資金短缺的風險。

5、運作風險。資產重組的運作風險主要包括談判風險、簽訂合同風險等。

正是由于上述風險的存在，使得近年來雖然藥企投資并購醫療機構較為活躍，但退出者多、虧損較為普遍的問題也不可回避，根據前瞻產業研究院醫療機構行業研究小組對近年來一些藥企投資醫療機構的追蹤，腫瘤、肛腸等?？漆t院的盈利性相對較好，而一些綜合性醫院則相對較差，主要是目前國內綜合性醫院主要由政府運作，其在硬件設施、人才儲備等方面均具有較大的優勢。

前瞻產業研究院分析認為，盡管業界對于藥企跨界接手醫療機構并不甚樂觀，對于資金占用和經驗缺失的質疑始終未停，藥企對于醫療機構的投資熱情依然不減，這一點從越來越多的藥企將進軍醫療服務行業、發展大健康產業作為其未來發展目標中就可以看出。不過未來藥企投資醫療機構需要在前期調研上下更大的工夫，除了其本身在醫療機構經營管理方面缺乏經驗、品牌競爭力相對較弱外，隨著越來越多的民營資本進入醫療機構行業，行業競爭加劇已不可避免，突出特色，增強核心競爭力，專業化發展是未來醫療機構發展的方向。