游戲的自由度比 COC 稍微高一些，玩家可以在帝國軍與反叛軍之間自由選擇一方加入作為自己的陣營，兩個陣營在科技水平、武力和資源方面都有著很大差異，這對之后的游戲走向也會產生很大影響。在進入游戲主線開始建立基地之后，玩家的劇情生涯就開始了，游戲主線是以章節式劇情來進行，層層推進，每個章節中玩家都需要進行“建造”、“防御”和“攻擊”這三種不同的任務，一方面是可以不斷強化自己的基地，另一方面是劇情需要可以慢慢深入，這一點倒是 COC、《海島奇兵》以及《使命召喚：英雄》所沒有的。

雖然說是套用了 COC 的玩法要素，但畢竟是新游戲所以總是要有些自己的新創意的，《星球大戰：指揮官》不僅加入了大量的劇情，讓玩家一邊體驗游戲一邊經歷劇情，還有強力的“英雄”系統加入戰斗，英雄那不同于普通士兵的攻擊方式以及強力的身體素質讓玩家的進攻變得更加輕松。不過這個系統在《使命召喚：英雄》中也有出現，對于同期推出的兩款游戲來說這可是“撞系統”了。